Yandere Simulator ha come protagonista una scolaretta di nome Yandere-Chan. Yandere è un termine che comprende persone apparentemente affettuose e gentili, ma che, in determinate circostanze, diventano molto violente. In particolare, questi personaggi cambiano la loro personalità quando le loro aspettative amorose non sono soddisfatte. La nostra Yandere-Chan si è innamorata di un suo compagno di classe del liceo, ma è troppo timida per rivelargli i suoi sentimenti. Quale sarà il suo piano allora? Boicottare la sua vita amorosa! Se un altro studente si avvicina a Senpai, Yandere-Chan farà in modo che sparisca per sempre dalla faccia della terra...