Nella regione di Hyrule stanno accadendo eventi molto strani. Una notte tempestosa, la principessa Zelda e le sue fanciulle temono che questi eventi indichino che la fortezza si sta indebolendo. Zelda convoca Link e lo porta al castello per proteggerli. Mentre si apre il portale del Santuario della Spada Quadrupla, dal portale emerge una figura scura. Questa figura è il lato oscuro di Link, che rapisce immediatamente le fanciulle. Link lo segue e recupera la Spada Quadrupla, che divide il suo portatore in quattro cloni. Distruggi questa versione malvagia di te stesso! Ma dopo averlo ucciso, Vaati viene liberato e scatena di nuovo il caos nel pacifico regno. Impedire al male di impadronirsi di Hyrule e riuscire a salvare le fanciulle!
